Площадь государственного природного заповедника "Юганский" составляет 648 636 га. Вокруг заповедника выделена охранная зона шириной 2 км и площадью 93 893 га. Территория заповедника разделена на три участковых лесничества: Нёгусъяхское, Мало-Юганское и Тайлаковское.
Территория Юганского заповедника находится в удалении от крупных населенных пунктов, в малонаселенной местности. Большая ее часть является труднодоступной для наземного передвижения, что помогает значительно уменьшить фактор беспокойства для диких животных.
К важнейшим задачам, выполняемыми работниками отдела охраны являются:
· борьба с браконьерством и иными нарушениями установленного режима особой охраны на территории заповедника;
· систематическое патрулирование в целях предупреждения, выявления и пресечения нарушений режима особой охраны, возгораний и лесных пожаров;
· участие в тушении лесных и иных растительных пожаров;
· выявление несанкционированных посещений территории заповедника посторонними лицами;
· поддержание в рабочем состоянии кордонов, переходных изб.
Кроме того, сотрудники отдела - государственные инспекторы - занимаются сбором первичной информации о состоянии природных компонентов и ведением фенологических наблюдений.
В целях предотвращения различных нарушений ведется разъяснительно-информационная работа с коренными жителями, проживающими вблизи границ с заповедником.
Обеспечение режима особо охраняемой природной территории ведется сотрудниками отдела охраны. Всего в штате отдела 10 человек. Часть из них постоянно проживает в полевых условиях на кордонах, сеть которых равномерно покрывает большую часть заповедника. А наиболее удаленные и труднодоступные районы охраняются инспекторами оперативной группы (4 чел.), которая регулярно отправляется в длительные многокилометровые рейды. В зимний период они преодолевают на снегоходах от 40 км и более снежной целины, так как никаких коммуникаций на заповедной территории нет. Летом передвижение осуществляется на моторных лодках по рекам, большая часть которых судоходна лишь до середины лета. Длина маршрутов также исчисляется сотнями километров.
В распоряжении государственных инспекторов отдела охраны заповедника имеются снегоходы и моторные лодки. Для связи используются переносные рации и спутниковые телефоны.