На территории заповедника запрещается любая деятельность, противоречащая задачам заповедника и режиму особой охраны его территории, установленному Положением о заповеднике "Юганский", в том числе:
1) промысловая, любительская и спортивная охота;
2) промышленное рыболовство;
3) любительское и спортивное рыболовство, кроме случаев, установленных Положением о заповеднике "Юганский";
4) нахождение с орудиями добычи (вылова) водных биоресурсов, с огнестрельным, пневматическим и метательным оружием, капканами и другими орудиями охоты, в том числе с охотничьим огнестрельным оружием в собранном виде на дорогах общего пользования, а также с продукцией добывания объектов животного мира и орудиями добычи (вылова) водных биоресурсов, кроме случаев, связанных с осуществлением спортивного и любительского рыболовства в соответствии с Положением о заповеднике "Юганский";
5) разведка и добыча полезных ископаемых;
6) деятельность, влекущая за собой нарушение почвенного покрова, выходов минералов и геологических обнажений;
7) деятельность, влекущая за собой изменения гидрологического режима земель;
8) рубка леса, за исключением прочих рубок, осуществляемых в установленном порядке, заготовка живицы, древесных соков, лекарственных растений и технического сырья, а также иные виды лесопользования, за исключением случаев, предусмотренных Положением о заповеднике "Юганский";
9) сенокошение, пастьба скота, распашка земель, размещение ульев и пасек, сбор и заготовка дикорастущих плодов, грибов, орехов, семян, цветов и иные виды пользования растительным миром за исключением случаев, предусмотренных Положением о заповеднике "Юганский";
10) строительство, реконструкция и капитальный ремонт объектов капитального строительства, в том числе линейных сооружений, не связанных с выполнением задач и функционированием заповедника;
11) взрывные работы;
12) пускание палов и выжигание растительности;
13) сплав древесины по водотокам и водоемам;
14) предоставление земельных участков для индивидуального жилищного строительства, а также для садоводства и огородничества;
15) интродукция объектов животного и растительного мира в целях их акклиматизации, биотехнические мероприятия;
16) применение ядохимикатов, минеральных удобрений и химических средств защиты растений и стимуляторов роста, использование токсичных химических препаратов для охраны и защиты лесов, в том числе в научных целях;
17) загрязнение территории бытовыми и производственными отходами и мусором, создание объектов размещения отходов производства и потребления, радиоактивных, химических, взрывчатых, токсичных, отравляющих и ядовитых веществ;
18) нахождение на территории, проезд через неё, стоянка автомототранспортных средств вне дорог общего пользования (участок реки Малый Юган, от устья реки Вуяяны до восточной границы заповедника) и специально предусмотренных для этого мест, проход и стоянка судов и иных плавучих средств вне специально предусмотренных для этого мест (кроме случаев, связанных с функционированием заповедника);
19) сбор зоологических, ботанических и минералогических коллекций, кроме осуществляемого в рамках научно-исследовательской деятельности заповедника, предусмотренной тематикой и планами научных исследований Учреждения;
20) нахождение с собаками (за исключением используемых при проведении мероприятий по охране природных комплексов и объектов), содержание собак без привязи, нагонка и натаска собак;
21) пролет самолетов и вертолетов ниже 500 метров над территорией заповедника без согласования с Учреждением или Минприроды России, а также преодоление самолетами над территорией заповедника звукового барьера;
22) действия, ведущие к беспокойству диких животных, а также их кормление посетителями;
23) уничтожение и повреждение аншлагов, шлагбаумов, стендов, граничных столбов и других информационных знаков и указателей, оборудованных экологических троп и мест отдыха, строений на территории заповедника, а также имущества Учреждения;
24) иная деятельность, нарушающая естественное развитие природных процессов, угрожающая состоянию природных комплексов и объектов, а также не связанная с выполнением возложенных на заповедник задач.