
Лесные земли в заповеднике составляют 64% и полностью представлены насаждениями естественного происхождения.
Нелесные земли составляют 36%, представлены в основном болотами.
Абсолютные высоты в рельефе заповедника достигают 80-90 метров над уровнем моря, но над окружающим пространством эти образования возвышаются всего на 7-15 метров. Самая высокая точка - 120 метров над уровнем моря лежит в центре огромного болотного массива и среди окружающего пространства совсем не выделяется.
Речные долины формировались в условиях небольших уклонов поверхности, медленного и спокойного течения. Реки сильно извилистые. Территория заповедника охватывает часть бассейнов наиболее крупных рек — Негусьях и Малый Юган — притоков Большого Югана, впадающего в протоку Юганская Обь. Негусьях протекает по заповеднику верхним и средним течением, где принимает притоки: слева — Нарысъях, Синкьях, Лункьях, Печпаньях, Картыкатигый, Нялинкисигый и другие; справа — Нарых, Кунях, Посльигый, Моккумигый. Протяженность Негусъяха в пределах заповедника около 400 км и эта река — главная его водная магистраль. Естественной границей заповедника служит река Малый Юган в среднем течении, где принимает притоки Колкоченьягун, Вуяяны и ряд ручьев.
В заповеднике много болотных озер. Они мелководные, имеют торфяное дно, топкие берега и иногда дают начало небольшим речкам. Наиболее крупные озера -Онтырлор, Кытнелор и Колынлор. В поймах рек есть озера-старицы, по местному - урии.
Территория заповедника характеризуется слабо выраженным уклоном местности в пределах 0,03 м/км. Подобные уклоны, даже не смотря на избыточное увлажнение, в условиях плоского рельефа не способствуют формированию мощных водотоков и густой речной сети. Средняя водность рек 3-6 л/с/км.

На водоразделах развиты крупные, сложные олиготрофные системы, состоящие в центральной части из грядово-озерковых болотных микроландшафтов. Склоны их представлены грядово-мочажииными комплексами, а периферийные — лесными и мохово-лесными болотными микроландшафтами в сочетании с моховыми и мохово-травяными. Уровень болотных вод в летний период на 20-30 см ниже поверхности болота, а в зимнее время опускается до 90 см. Гряды возвышаются над мочажинами на 20-40 см, а поверхность их имеет волнистый и кочковатый микрорельеф. Ширина гряд меняется от 2 до 10 м. Мощность торфа от 2 до 5-6 м, а иногда до 10 м.
Избыточная влажность, небольшой уклон местности и слабая дренированность приводят к переувлажнению и заболачиванию почв. Преобладают болотные торфянистые и оторфованные почвы. Из почвообразовательных процессов выражены глеевый и подзолистый. В целом для почв заповедника характерна незначительная мощность гумусового горизонта (3-10 см), кислая и сильно-кислая реакция, малое содержание гумуса (1,5-3,0%). Все это признаки низкопродуктивных почв.
Климатические особенности заповедника типичны для подзоны средней тайги, характеризуются влажностью и континентальностью. По данным Летописи природы за 2007-2011 годов, средняя годовая температура достигает — 0,9°. Самый холодный месяц— январь (-23,6°), часто - февраль, самый теплый — июль (+16,5°), но нередко максимальные температуры приходятся и на июнь.
В зимнее время господствуют южные и юго-западные ветры. С июня по август преобладают ветры северного направления, т.е. в годовом режиме ветра отчетливо проявляется муссонообразный характер.
В годовом цикле хорошо просматривается теплый и холодный периоды (лето и зима), а также менее короткие и выразительные переходные к ним — весна и осень. Все они различаются по энергетической характеристике потенциала земной поверхности: весна - сезон его нарастания, лето - годичного максимума, осень - снижения и зима - годичного минимума.
Каждый сезон подразделяется на несколько подсезонов (субсезонов): этапы зимы - начальная зима, глубокая зима и предвесенье; весны - снежная весна, пестрая весна, голая весна, зелена весна, предлетье; лета - начальное лето, полное лето, спад лета; осени - начальная осень, глубокая осень, предзимье.

Низкая пойма включает пионерную растительность аллювия — ивняки с черемухой, заливаемые в паводок.
Луговая растительность распространена мало. Площади лугов в долинах рек не велики. По геоботаническому составу луга делятся на следующие типы: злаково-разнотравные, вейниковые, осоково-канареечниковые, болотно-осоковые. Злаковое разнотравье обычно состоит из пырея ползучего, с небольшой примесью осоки. Этот тип лугов распространен на свободных от леса возвышенных притеррасных частях пойм. В центральной части пойм развиты вейниковые луга. Они представлены почти чистыми ассоциациями вейника Лангсдорфа и отчасти вейника втянутого. Площади их не велики. Более низкие уровни заняты бекманиевыми и наиболее распространенным типом лугов — осоково-канареечниковыми. Эти луга главным образом состоят из осоки острой и осоки водяной. Заросли канареечника без примеси осок распространены от самых пониженных и сырых мест до высоких сухих грив.

Другим типом растительности, наряду с лесами, являются болота, которые занимают почти 1/3 площади заповедника. В основном это выпуклые олиготрофные болота с господством сфагнума бурого. Основные массивы болот расположены в южной части заповедника (материковая часть). Центр их занят грядово-мочажинно-озерковыми комплексами. Растительность на грядах представлена болотными формами сосны и кедра, болотными кустарничками (багульник,мирт, подбел), сфагнумом бурым.
В сильно обводненных мочажинах преобладают сфагнумы — большой, обманчивый, балтийский; из трав — осока топяная и очеретник белый. В менее обводненных мочажинах преобладают шейхцерия болотная и те же виды сфагнумов.
Более дренированные участки по периферии болот, вокруг крупных озер заняты сосново-кустарничково-сфагновыми фитоценозами. Древесный ярус представлен сосной, высотой 4-8 м. Среди кустарничков преобладают — багульник, мирт, голубика, морошка. Моховой покров сплошной — из сфагнумов: бурого, узколистного, магеланского и др. Менее распространены другие типы болот — осоково-сфагновые, ерниково-гипновые, травяно-гипновые и другие.
По данным Летописи природы заповедника "Юганский" за 2017 год в результате инвентаризационных и исследовательских работ установлено количество видов растений, произрастающих в Юганском заповеднике:
Группа растений |
Число видов |
Грибы: | |
Аскомицеты |
41 |
Базидиомицеты |
518 |
Лишайники |
195 |
Мохообразные |
114 |
Сосудистые: | |
Папоротникообразные |
19 |
Голосеменные |
6 |
Покрытосеменные |
307 |
Итого сосудистых
|
332 |
из них синантропных |
28 |
из них интродуцентов |
8 |
Местная фауна сформировалась на стыке европейского и сибирского фаунистических комплексов. Биоценозы Западно-Сибирской равнины считаются молодыми образованиями, формирующимися здесь в послеледниковый период. О молодости животных сообществ Западной Сибири свидетельствует факт почти полного отсутствия здесь эндемичных форм выше подвидового ранга.
В целом, для фауны заповедника характерно господство сибирских видов, зачастую имеющих голарктический характер распространения, а также черты переходности между животным миром Восточной части Европы и Восточной Сибири. Западные палеаркты немногочисленны по количеству видов (рыжая лесная полевка, мухоловка-пеструшка, зарянка и др). С востока проникают восточно-азиатские палеаркты: колонок, соловей-красношейка, урагус, пестрый дрозд, синехвостка, овсянка-крошка и др.
Инвентаризация беспозвоночных не завершена. Таксономический состав водных беспозвоночных территории заповедника по состоянию на 2011 год представлен 559 видами.
Фауна позвоночных животных заповедника насчитывает 269 видов. Большинство из них составляют птицы - 212 видов. Гнездится на территории заповедника 132 вида. Два тундровых вида - белая сова и кречет встречаются в зимнее время, 54 вида посещает территорию заповедника на весеннем и осеннем пролётах, а ещё 24 вида составляют группу залётных видов, попавших на нашу территорию случайно.
Млекопитающих на сегодняшний день насчитывается 40 видов. Больше половины из этого числа приходится на мелких млекопитающих - грызунов и бурозубок. Из насекомоядных обычна водяная кутора, бурозубки — малая, крупнозубая, средняя и обыкновенная. Из лесных полевок — рыжей, красно-серой и красной, выделяется по обилию последняя, заселяющая все биотопы. Очень редко встречается лесная мышовка, мышь-малютка. Водяная полевка обычна по всем рекам заповедника. Акклиматизированная в Западной Сибири ондатра встречается во всех (кроме мелких болотных озер) водоемах заповедника. Азиатский бурундук, летяга, обыкновенная белка — типичные представители лесов заповедника. Заяц-беляк встречается во всех биотопах заповедника, но наибольшей численности достигает в поймах рек и молодых лесах, возникающих на месте гари.
Среди рукокрылых (летучих мышей) достоверно определены северный и двухцветный кожанки.
Среди хищных наиболее представлены куньи (8 видов). Самым распространенным среди них является соболь. Реже встречаются ласка, горностай, колонок. Среди околоводных животных наиболее многочисленна американская норка, акклиматизированная здесь в 1935-1937 гг. Выдра встречается реже. Росомаха и барсук широко распространена по всему заповеднику, занимая пригодные для своего обитания биотопы. Барсуку для благополучного существования необходимы относительно сухие, не затапливаемые, расположенные на возвышенностях, пойменные леса, росомаха предпочитает опушечные леса по краям обширных водораздельных болот. Бурый медведь, волк и лиса широко распространены по всей территории заповедника, но высокой численности не достигают. Рысь посещает территорию заповедника не каждый год.
Копытных зверей в заповеднике два вида — северный олень и лось. В настоящее время ведутся работы по подготовке второго издания Красной Книги ХМАО, в списки которой северный олень будет занесен со статусом II категория редкости – вид с неуклонно сокращающейся численностью. Лось - обитатель лесов с преобладанием лиственных пород - обычен в заповеднике. До открытия заповедника численность лося на этой территории была довольно низкой, в первые 10 лет заповедного режима существенно возросла. Но с момента, когда на территории поселились волки, численность лосей была урегулирована.
В заповеднике обитают два вида пресмыкающихся - гадюка и живородящая ящерица, 4 вида земноводных - сибирский углозуб, обыкновенная жаба, остромордая и сибирская лягушки.
Пресноводная сибирская фауна в озёрах и реках заповедника - обычна для средней тайги: язь, щука, окунь, плотва, елец, ёрш, пескарь, серебряный и золотой караси.